以"蛇吞象"的方式收購三鹿之后，三元一直在苦苦掙扎。4月12日三元股份發布的2011年年報顯示，其營業收入為30.7億元，增長19.36%，凈利潤微降5.34%，約為4872萬元，不過，扣除非經常性損益后，其凈利潤則虧損約4457萬元，這也是連續3年公司扣除非經常性損益后凈利呈現虧損。分析認為，三元收購三鹿后無法消化巨大的產能是其主業難以提振的最大原因。另外，近年來三元的現金流也一直不充裕，這導致并購過來的不少三鹿的工廠企業處于未開工狀態。調查顯示，三元的中高端液態奶出貨量遠遠低于蒙牛和伊利。2006年伊利開始推出金典，蒙牛推出了特侖蘇，然而直至2008年三元才推出了極致。功能性高端乳品一直是企業提升毛利的最主要產品，然而三元的姍姍來遲，造成目前高端市場被蒙牛、伊利割據的局面。對于三元的持續虧損，分析師建議未來三元加快剝離不良資產的速度，集中資金和人力加大高附加值的高毛利產品的開發和創新。